Je ne pense pas, mais le delta de temps est tellement petit que tu ne le vois pas, multiplie le par 50 ou 100 (comme dans le cas de ton appli), tu devrais commencer à trouver le temps long.
Je pense aussi que le développement du soft est à revoir (en passant il faudrait utiliser un vrai langage, parce que windev ... ), ton application ne devrait pas travailler avec des fichiers mais avec une base de données et éventuellement produire des fichiers en fin de traitement ... mais c'est un autre sujet.
Par contre c'est difficilement justifiable si le soft se comporte correctement en environnement 100% Windows (ça doit faire partie des prérequis).
Tu devrais tester les différentes options avancés de Samba (en particulier les oplock) et/ou attendre la sortie (et la stabilisation) de DSM6.1.
Une "solution" alternative pourrait être BrandCache, mais comme il faut un serveur Windows, autant monter une Lun iSCSI du nas sur le serveur et faire le partage SMB depuis ce serveur.