je pense que le problème viens du INPUT_FILE si il est encoder avec un format spécial il se peux que ffmpeg n'arrive pas a le réencoder, j'ai souvent eu se problème, j'ai pas mal de fichier avi qui me fond sa avec ffmpeg, j'aurais préféré que mencoder soit installer sur le syno.
ducoup quand j'ai des problèmes d'avi j'utilise pocketdivxencoder sur windows (qui utilise mencoder et la pas de soucis) après je suppose que vous voulez scripté tous sa, je n'est pas vraiment de solution a vous proposé a part passé par ipkg pour installer mencoder, mais personnellement j'évite, cela ma causé quelque soucis par le passé.
si vous arrivez a vous en sortir je suis preneur de la solution ^^