Curieux que tu ne puisses rien installer sur ton Apple TV 3, si tu as configuré un compte dessus avec ton id Apple...
Pour ce qui est de la lecture des "*.mkv" il peut y avoir 2 causes possible :
Les pistes audio utilises un CODEC autres que AAC, AC3. Ce qui empêche la lecture (mais tu as un message d'erreur indiquant le problème).
La video utilise une LIBRARY autres les @4.1, 4,2.
Je suis à peu de choses près dans la même configuration que toi.
Garage = La Box Crystal + NAS DS412+,
Salon = Apple TV 4 (connectée en RJ45) + câble HDMi à la TV,
Chambres = Borne Ubiquiti (au RDC) + iPad (Wifi),
Bureau = TV Sony (connectée en RJ45)) avec appli DSVideo
Dans cette configuration tout fonctionne parfaitement lecture des "*.mkv" 1080p et 720p.