??????C'est une synchro ou ce n'est pas une synchro que tu veux faire.
A mon avis tu n'échapperas pas à un ré-indexage complet.
Pour être certain de ne pas faire de bêtise, après avoir délié la synchro:
change le nom du dossier sur le PC, crée un dossier vide avec l'ancien nom là où tu souhaites qu'il soit,
fait une synchro du nas vers ce nouvau dossier du PC (avancé/téléchargé des fichiers depuis synology drive).
Quand tous les fichiers sont téléchargés tu changes la synchro en bidirectionnelle et quand tu es sûr de ton coup tu détruis l'ancien dossier du PC.
Il y a certainement plus simple mais personnellement je me sentirai plus à l'aise comme cela.