Il est installé sur tous les disques ayant un volume.
Donc à moins que tu n'ai laisser un disque non utilisé dans ton syno, la partition système est sur tous les disques.
Ceci dit, une fois que ton backup est bien pris ( n'oublie pas la sauvegarde de la config ), dans les pages de management, il y a moyen de faire un reset d'usine ce qui efface toutes les partitions de tous les disques.
Après, une simple réinstallation du firmware via l'assistant ( utilise bien le dernier ) te permettra d'installer à nouveau le système.
Dès que c'est fait, active le telnet ou ssh pour vérifier la taille ( df -h ) et le format ( mount ) de tes partitions avant d'aller plus loin en créant des volumes.
Vu que tu serras en DSM3, les future créations seront bien en ext4, mais tu sais vérifier que la partition système est elle aussi déjà en ext4.