Je dirais dans l'ordre :
- Coupe tous les services ( web serveur, mysql, https, serveur dlna, itunes, download station, filestation, ... ) du syno ( par exemple pour Sqeezcenter, mailstation, webalizer désactive le package )
- Redémarre le syno
- Teste à ce moment là et donne nous les vitesses.
Si c'est bon, c'est qu'un service n'est pas au top.
Vérifie quand même bien les versions des packages que tu as.
Après, réactive les services et packages un par un en refaisant des tests et regarde au niveau du moniteur de ressources si ça ne mouline pas niveau cpu ou mémoire quand tu réactive certain services.
Ceci dit, pense à n'activer que ce qui est nécessaire quand même.
EDIT : maintenant que j'y pense, au niveau des service windows/mac, tu as décocher la case concernant les optimisation CIFS ( là je ne suis plus certain du terme ) ...