Shell interactif oui, c'est déjà pas mal je trouve. Les scripts Syno (binaires ou pas) peuvent appeler des composants externes comme wget. Au final, si depuis ton SSH tu lances un "synoxxxxx", tu ne peux pas garantir que optware n'intervienne pas à un moment ou à un autre.
Et effectivement, init.d est lié à Optware donc au démarrage, Optware à la main pour exécuter ce qu'il veut.
Au final, dans tes sessions interactives, tout peut être potentiellement impacté par IPKG alors même que tu tapes la même commande qu'avant. Je ne sais pas à quelle période s'exécute le init.d de Optware mais il est aussi possible qu'il créé des problèmes d'utilisation de meme ports aussi.
Synology ne fait pas de support là dessus pour plusieurs raisons à mon avis :
Environnement non controlé par Synology, contrairement aux SPKs
Trop d'utilisateurs novices ont suivi un tuto et "ça ne marche pas"
Il n'y a aucun problème à utiliser IPKG quand tu en comprends les rouages, ce qui n'est pas le cas de % des utilisateurs d'IPKG.