Je ne dénigre rien du tout, IPKG c'est très bien pour découvrir des programmes ou se bricoler un petit truc ou tout simplement éviter de cross compiler. Les paquets ne sont pas à jour, il y a des patchs hasardeux dans Optware, comparé à OpenEmbedded c'est très opaque et les toolchains utilisées sont pas les officielles fournies par Synology.
Perso je n'expose pas de programme installé via IPKG sur mon Syno sur internet, souvent les versions proposées par IPKG sont vieilles.
Quant aux interractions entre IPKG et le firmware natif il y en a bien puisque tu changes le PATH. Ton Syno peut très bien se retrouver à appeller des commandes via IPKG au lieu des commandes natives. Je me rappelle de quelqu'un qui avait du flasher son Syno à cause de l'installation d'un paquet IPKG (busybox de mémoire).
Tu perds IPKG à la suite d'un flash de firmware.
Les SPKs sont pensés par Synology pour éviter ce genre de désagréments et laisse la main à l'utilisateur d'installer / désinstaller / mettre à jour un paquet via DSM. Ils résistent aussi au flash de firmware et peuvent même conserver les fichiers de conf après désinstallation sur accord de l'utilisateur (via un formulaire lors de la désinstallation).
Un SPK bien ficellé c'est 0 dépendance vers les librairies du Syno et 0 interraction avec le système natif.
Perl via IPKG c'est très bien aussi et tu as presque un environnement séparé, les points faibles étant les bugs éventuel, les versions dépassées et le manque de paquets.
Perl en SPK tu peux faire ce que tu veux. La compilation des modules se ferait en amont via cross compilation et non en natif sur le Syno ce qui évite les désagréments de librairies non disponnible ou pas à la bonne version.
Reste aussi Perl via un chroot Debian. Tous les Synos sont maintenant ARMEL ou x86. Les vieux sont en PPC et très vieux (x07) en ARMEB. Le chroot debian serait donc possible sur tous les Synos. Là tu te reposes sur la communauté Debian et profite de toutes les mises à jour possible et imaginables. Par contre comme c'est jail c'est pas super pratique à utiliser en dehors de l'environnement chrooté. Tu peux même faire de la compilation de modules perl en natif.